• وحدة الرصد والبحث الميداني

تعنى برصد الانتهاكات لحقوق الإنسان بكل أشكالها وأنواعها وتوثيقها خصوصاً تلك التي يمارسها الاحتلال بحق الفلسطينيين، واطلاع الرأي العام عليها، والتواصل مع المؤسسات من أجل وقفها وملاحقة المسئولين عنها.

• الوحدة القانونية

تعمل على متابعة القوانين ومشاريع القوانين والمساهمة في تطويرها، وتقديم الاستشارة والمساعدة القانونية المجانية للفئات الضعيفة في المجتمع.

• وحدة الحقوق والحريات

تعني بمراقبة حالة حقوق الإنسان واحترام القانون والحريات العامة.

• وحدة العلاقات الخارجية والمشاريع والتحشيد

تهتم بتشبيك وتعزيز العلاقات مع المؤسسات والجهات الحقوقية والقانونية المحلية والإقليمية والدولية المعنية بحقوق الإنسان وكسب الدعم والتأييد للحقوق الفلسطينية، وإعداد وتسويق المشاريع التي تسهم في تحقيق أهداف المركز ونشر ثقافة الديمقراطية وسيادة القانون.

• وحدة التدريب والعلاقات العامة

تقوم الوحدة بإعداد وتنظيم الدورات والبرامج التدريبية في كافة المجالات القانونية والحقوقية، واطلاع الجمهور على أنشطة المركز ورسالته وأهدافه، وتعزيز التواصل والتعاون المشترك مع مؤسسات المجتمع المحلي والمراكز والمؤسسات المشابهة بما يسهم في دعم سيادة القانون وتحقيق العدالة.

• وحدة المرأة والطفل

تعمل الوحدة على توعية المرأة الفلسطينية بحقوقها التي كفلتها المواثيق الدولية لحقوق الإنسان ، وتعريفها بالقوانين المحلية المماثلة، وإعداد الدراسات والأبحاث المتعلقة بالمرأة في المجتمع الفلسطيني، والمساهمة في تطوير القوانين التي تعنى بحقوق المرأة أو تنطوي على تمييز ضدها، وكذلك تقديم المساعدة القانونية للمؤسسات النسوية التي تقدم الدعم للمرأة، بما في ذلك التمثيل القانوني أمام المحاكم الشرعية خصوصاً في قضايا الحضانة والنفقة. 

كما تهتم الوحدة بنشر الوعي بحقوق الطفل ومساعدة الأطفال الذين يتعرضون للعنف، ونشر الثقافة الحقوقية وسط الأطفال من خلال برامج خاصة بالتعاون من الجهات ذات العلاقة ومؤسسات المجتمع المدني.